清朝初期，少林永化堂演化为两部分。一部分非明朝皇室王子身份的僧人，追随原被明朝皇帝钦命、后被大清王朝钦命的禅宗祖庭少林寺永化堂上传曹洞正宗第28代嗣祖沙门、住持大和尚彼岸海宽禅师，归顺大清王朝，留守禅宗祖庭少林寺，传承禅武医学。另一部分以明朝皇室王子身份出家为僧的朱姓和尚及其门下弟子，因为不舍少林永化堂传承的“爱国忠孝门风”和“振兴中华堂志”，反对满清王朝强制颁布推行的做践汉传华夏文明的剃发令、易服令、文字狱，力图恢复保留汉传华夏文明，便相约在少室山(俗称九顶莲花山)下的永化堂上祭祖盟誓：“以明太祖洪武皇帝朱元璋在大明王朝开国之初所倡导的‘驱除胡虏，恢复中华’之志为志，以该堂所传承的入门之拳的拳名—小洪拳之洪为名称， 共同创立忠心义胆、团结互助、患难相扶、遗孤共养、生死与共、矢志不渝的反清复明组织—洪门。”其后便远离禅宗祖庭少林寺南院永化堂，分散到五湖四海，隐身于社会各界，形成不同的洪门分支，其中较为著名的分支有在国内发展的
天地会、
哥老会、
袍哥会、
三合会、
小刀会及其在美洲国家发展的
致公堂、澳洲华人
共济会等组织;同时，他们也将本堂所传承的少林
禅武医学、爱国忠孝门风、振兴中华堂志等文化精髓带出寺院，走向民间，传播到世界各地，故有“天下
洪门出
少林，洪门根在永化堂”之说。