大屿位于厦门西港南部，陆地面积0.186平方公里，岸线长2.3公里，1995年被列为省级自然保护区，2000年升级为国家级自然保护区。该岛距厦门岛1.9公里、鼓浪屿1.1公里，植被覆盖率达95%以上，栖息着黄嘴白鹭、岩鹭等近3万只鹭鸟。保护范围涵盖全岛陆域及滩涂2.17平方公里，实施严格生态管控，禁止无关开发活动。

大屿岛地处厦门西港南部海域，西南距海沧嵩屿0.3公里，最高点海拔62米。全岛海岸线受潮汐作用形成典型基岩岸线特征，低潮线以上滩涂被划入保护区管辖范围。

鹭类栖息地岛上分布相思树、木麻黄等原生植被，鹭鸟巢穴密度达每公顷1200个。2020年监测显示有黄嘴白鹭、岩鹭等10个鹭类品种，其中黄嘴白鹭为厦门特有模式种。19世纪鸟类学家在此发现鹭科鸟类繁殖规律，形成中国首个白鹭研究基地。

声环境影响2020年9月声环境监测显示，全岛等效声级平均值为52.2分贝，主要噪声源为船舶引擎（占72%）和鸟虫鸣叫（占28%）。靠近主航道区域曾因施工噪音导致2000年巢区缩减53%。

核心区管控全岛陆域与滩涂均属保护区核心区，禁止科研考察之外的登岛活动。2016年厦门大学科考发现潮间带垃圾堆积量较2010年减少67%，红树林成活率提升至83%。

生态修复护林员团队自1997年起累计种植红树植物15万株，形成长1.2公里的生态缓冲带。2017年世界地球日活动中，志愿者新植秋茄树种苗8000株。

保护区保存完整的鹭类繁殖观测数据链，涵盖1968 2020年种群数量波动曲线。2023年地质勘探发现岛体由花岗岩构成，表层风化壳厚度达3.6米，为研究厦门海蚀地貌提供典型样本。