大主教区作为基督教会的核心教区单位，其发展历程与早期基督教会议密切相关。325年尼西亚会议首次确认罗马、亚历山大里亚和安提阿三大主教区的特殊地位。451年君士坦丁堡会议将君士坦丁堡和耶路撒冷升格为大主教区，形成五大牧首区体系。伊斯兰教势力扩张后，安提阿、耶路撒冷和亚历山大里亚大主教区影响力衰退，使罗马与君士坦丁堡成为基督教两大权力中心。在东正教体系中，牧首区与大主教区属于同级教区单位，下辖多个首府主教区。

325年尼西亚公会议确立罗马、亚历山大里亚和安提阿三个大主教区，奠定基督教核心教区格局。451年第四次公会议通过第28条教规，将君士坦丁堡和耶路撒冷提升至同等地位，形成五大教区体系。这种调整基于君士坦丁堡作为帝国新首都的政治地位，引发罗马主教关于使徒传承优先性的持续争议。

7世纪伊斯兰教扩张导致安提阿、耶路撒冷和亚历山大里亚大主教区逐渐失去实际管辖权，其牧首多移居君士坦丁堡行使象征性职能。这种地域权力真空促使罗马与君士坦丁堡大主教区成为中世纪基督教世界的主要管理机构。

东正教体系中，大主教区与牧首区属于同等层级的教务管理机构。每个牧首区（大主教区）管辖若干首府主教区，形成三级管理体系。这种组织模式与天主教以罗马教廷为中心的金字塔结构形成鲜明对比。

罗马天主教会使徒彼得的直接传承关系。相较而言，东正教在设立大主教区时主要考量国家或城市的经济实力、政治影响力等现实因素。

罗马教廷坚持按使徒传承确定排序。该争议成为1054年东西教会大分裂的重要诱因之一。

在教区管理权方面，罗马大主教区主张对全体基督徒的普遍管辖权，而君士坦丁堡大主教区坚持各教区自主原则。这种理念分歧导致罗马和君士坦丁堡大主教区在管辖权争议等方面产生持续冲突。