复合生态系统是由人类社会、经济活动和自然条件共同作用的动态复合体系，由生态学家
马世骏与
王如松于1984年正式提出。该系统包含自然、经济、社会三个子系统，通过物质代谢、能量流动和信息传递形成多层次耦合网络。自然子系统提供资源承载功能，经济子系统主导生产过程，社会子系统协调调控机制，三者通过竞争、共生、自生实现动态平衡。核心理论强调生态整合，通过结构优化与功能协调实现可持续发展，其评价体系涵盖资源可持续性、经济效益平衡性与政策有效性三维指标。作为
生态工程的核心理论基础，该理论已应用于矿山修复、城镇规划等实践领域。
自然子系统由水、土、气、生物群落及矿产资源构成，为核心能量输入源。经济子系统包含生产、流通、消费、还原、调控五大功能单元，形成闭环物质代谢链。社会子系统包括认知系统（哲学/科技）、体制（法规/政策）、文化（伦理/信仰）三要素，主导系统调控过程。
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赵景柱在1990年代补充完善复合生态系统理论，提出系统健康评价方法与生态工程实施路径。
时空维度上，系统通过营养级联效应实现能量梯度分配；数量规模维度建立物质输入输出平衡；结构组织维度形成功能单元嵌套网络；运行秩序维度遵循竞争序、共生序、自生序三阶演进规律。其中社会系统通过技术创新调控经济系统效率，经济系统通过资源分配影响自然系统承载力。
生态整合理论包含结构整合与功能整合两个层面：前者通过模块化布局协调子系统相生相克关系，后者通过产业链延伸实现废弃物资源化。系统具有人工调控与自然演替双重属性，既体现社会组织对生产活动的主导能力，又受生态承载力刚性约束。
自然子系统评估侧重资源再生速率与污染消纳能力，要求开发强度小于环境容量阈值。经济子系统考核单位GDP能耗、物质循环利用率等指标，需维持投入产出比动态平衡。社会子系统重点检测政策响应效率与文化适应能力，包含生态补偿机制覆盖面、公众参与度等参数。