基因簇是由
基因家族成员紧密排列形成的重复单位，位于
染色体特定区域，成员数量从两个至数百个不等，多为
同源基因扩增产物，部分成员间可能含有无关序列但分布集中。基因簇常包含无功能的
假基因，在真菌中可编码组成
多酶复合物的结构基因，细菌中同一
操纵子内的结构基因有时也被归为基因簇。
基因簇少则可以是由重复产生的两个相邻相关基因所组成，多则可以是几百个相同基因
串联排列而成。它们属于同一个祖先的
基因扩增产物，也有一些基因家族的成员在染色体上排列并不紧密，中间还含有一些无关序列，但总体是分布在染色体上相对集中的区域。
一组紧密连锁的且功能上密切相关的结构基因，多见于
脉孢菌（Neurospora）等真菌中。这些基因各自编码的酶常能组成
多酶复合物，能催化代谢中的特定反应。细菌同一
操纵子中的几个
结构基因也可称基因簇，但这些基因编码的酶并不组成复合体。