地理因子是构成地理基质的关键要素，包含气候、地形、土壤理化性质等非生物组分及生物相互作用网络。研究表明干旱指数（AI）等气候因子通过环境过滤直接调控微生物群落结构，并与林型、光照条件协同驱动生态系统物质循环过程。地理空间分布特征（如1257.6公里样带）通过塑造辐射、环流格局影响气候形成机制。现代研究多采用跨生物群落观测与微宇宙实验结合的方法，揭示地理基质中能量代谢与物质循环的耦合机制。

干旱指数（AI）作为典型气候因子，在西北旱区与细菌α-多样性呈显著负相关，其影响强度在荒漠土壤中比草原土壤高32%，下层土壤比表层高45%。东北森林研究表明，气候对凋落物分解速率的独立解释力不足9%，需通过驱动林型变化产生46.8%的间接影响。地理因子通过对辐射因子与环流因子的影响而作用于气候，形成包含洋流、地形、海陆分布的综合气候调控网络。

土壤真菌丰富度作为生物因子，通过调节跨界物种相互作用网络参数（平均节点度提升17%，负关联比例降低23%），显著改变细菌群落的确定性构建比例。在森林生态系统中，气候驱动林冠透光率下降（每升温1℃透光率降低5.2%），间接提升分解速率达23.9%。这种生物-非生物因子的协同作用，体现了地理基质中能量流动与物质循环的系统关联。

跨尺度观测技术方面，1257.6公里样带研究结合16S rRNA测序与微宇宙控制实验，解析pH、有机碳等理化性质对微生物群落的直接过滤效应。在东北森林实验中，26块样地历时3年的分解数据揭示气候与林型、林冠透光率的协同作用，构建了包含环境参数的结构方程模型。2025年环流模拟研究表明，地形起伏对局地辐射平衡的影响。

在干旱生态系统中，地理因子动态变化使细菌群落确定性过程占比提高38%，导致碳氮循环速率改变21-25%。森林生态系统对气候暖化的响应呈现非线性特征，当年均温超过3.2℃时，林型转变使分解速率突变增加54%。最新模型预测显示，海陆分布变化将使东亚季风区辐射收支改变12-15%，影响范围覆盖北纬25°-45°的地理基质带。