国家昌平综合农业工程技术研究中心是中国农业科学院建设的国家级科研平台，下设蔬菜花卉分中心与畜禽分中心等专业研究单元。

作为中国农业科学院五大国家工程技术研究中心之首，该机构承担农业科技原始创新、成果转化及长期观测等核心职能，建有覆盖蔬菜花卉与畜禽养殖两大领域的分支研究体系。

蔬菜花卉分中心依托蔬菜花卉研究所运营，设置遗传育种、栽培技术、资源保护三个研究室，截至2020年拥有89人科研团队，包含10名博士生导师和20名硕士生导师。分中心重点开展分子标记辅助育种、工厂化育苗等17项核心技术研发。

畜禽分中心隶属北京畜牧兽医研究所。

在蔬菜花卉领域，分中心保存着涵盖茄科、十字花科等32个科属的3.2万份种质资源，年均选育新品种15-20个。截至2020年，已建立包含荧光定量PCR、流式细胞分选等技术的分子育种平台，开发出抗病优质新品种63个。畜禽分中心则在动物疫苗研发、精准饲喂系统等领域取得12项专利技术突破。

中心建有7.8万平方米实验楼群，包含：

试验基地网络覆盖南口与廊坊两大片区，其中南口基地建有40栋日光温室和智能连栋大棚；廊坊基地设置DUS测试专区，可同时开展200个品种的特征特性鉴定。

截至2020年数据，科研团队中高级职称人员占比36%，包括中国工程院院士1人、博士生导师10人、硕士生导师20人。人才培养体系涵盖本硕博全链条，年均培养硕士研究生37人、博士研究生15人。技术支撑团队包含33名专业实验员，其中8人持有大型仪器操作认证资质。

在蔬菜安全生产技术领域，分中心研发的熊蜂授粉技术使设施番茄增产23%，病虫害发生率降低45%；开发的嫁接苗自动生产线实现每小时3000株的生产效率。畜禽分中心研发的饲料添加剂使肉鸡料肉比下降至1.55:1，养殖周期缩短5天。