中平六年（189年）灵帝
刘宏去世，周忠的儿子
周晖听闻雒阳不安，前去看望周忠。董卓厌恶周晖，于是派兵劫杀周晖兄弟。
初平三年（192年）十二月，朝廷因灾异策免太尉
皇甫嵩，时为
光禄大夫的周忠担任太尉，录尚书事。周忠担任太尉时，曾请求辞让给
士孙瑞。
当时
李傕、
郭汜执政，徐州牧
陶谦联合众多豪杰，谋划推举
朱儁为太师，发布檄文告示各州
牧伯，共同讨伐李傕、奉迎天子。周忠与尚书贾诩献计，徵召朱儁入朝，陶谦的计划因此中止。
初平四年（193年）正月，出现日食。未晡八刻，太史令
王立上奏：“日晷过度，未有变化”于是朝臣皆庆贺，未晡一刻而蚀。贾诩奏：“王立伺候不明，疑误上下。太尉周忠，职所典掌，请皆治罪。”
同年六月，
右扶风发生大风、雨雹，华山崩裂。周忠因灾异而被策免，朝廷任命朱儁接任太尉，录尚书事。
兴平二年（195年）献帝车驾东归，周忠跟随。十一月，李傕、郭汜追击车驾，爆发东涧之战，汉军大败，卫尉
士孙瑞战死，之后周忠接任卫尉。
李傕战败后，又发动第二次追击，大破汉军于曹阳。当时周忠与司徒
赵温、司隶校尉
荣邵、太常王绛去路被阻，李傕素来怨恨他们，想趁机下杀手，贾诩劝道：“这些人都是天子的大臣，将军何必要害他们？”李傕这才停止动手。