太平天国甲寅四年(1854 年)四月,叶芸来担任队将一职,军队驻扎于安徽潜山县。同年十月,他升任将军,奉命镇守安徽舒城。到戊午八年(1858 年)夏,叶芸来获封受天福,驻守安徽太湖县。己未九年(1859 年)秋,他进一步晋升受天安,移师镇守潜山县。庚申十年(1860 年)春,英王
陈玉成奉诏东进攻打
江南大营,鉴于叶芸来谋略与勇猛兼具,且有着坚忍不拔的精神品质,特意将留守
安庆的重任托付于他。在太平天国运动的诸多战事与发展进程中,叶芸来凭借自身能力扮演着重要角色,为局势走向起到关键作用。
湘军水陆师来犯,他布置城守,坚持不退,并请陈玉成增兵入城助守。
枞阳失陷后,安庆被清军合围。
辛酉十一年三月(1861年4月),太平天国英王陈玉成为解安庆之围,率援军赶至战场,于菱湖北岸修筑十三座营垒,与城内守军形成呼应。叶芸来率部出城,在菱湖南岸布防并构筑五座营垒,同时在湖内部署小船维持两岸交通,试图以南北夹击之势打破
湘军包围。
湘军迅速应对,调集炮船控制菱湖东部水域,并依托新筑工事阻击太平军。因太平军缺乏水师支援,难以抵御湘军炮船攻势,陈玉成部被迫后撤。湘军趁机增掘长濠,将菱湖北岸太平军营垒悉数包围,安庆城防压力骤增。此役暴露出太平军水师力量的薄弱,湘军则通过水陆协同战术逐步压缩守军战略空间。
辛酉十一年七月(1861年8月),陈玉成再度集结主力驰援安庆,率军猛攻湘军围城第一道长壕,士卒越壕与敌短兵相接。湘军
曾国荃部采取“且战且筑”策略,在激战中不断增修新垒巩固防线。安庆守将叶芸来为策应援军,率全城守军出击,自盐河至十里铺向东猛攻湘军新筑工事,终因火力劣势未能突破,被迫撤回城内。
辛酉十一年七月二十六日(夏历八月初一日,公历1861年9月5日),湘军以地雷爆破安庆北城垣,城墙坍塌十余丈。曾国荃部趁势越过壕沟登城,守将叶芸来率饥饿垂危的将士奋起迎击,与敌展开惨烈巷战。最终,太平军守城部队两万余人全员战殁,无一人投降,叶芸来亦壮烈殉国。