变种（variety），与亲代（上一代）不同，产生差异性变异。

在动物分类上存有轻视变种的倾向，动物的变种常有一部分被作为品种处理，在地理分布上不同的多作为亚种处理。命名上是把加有var．符号的变种小名附在种名之下来表示，不能单用变种小名来表示。变种小名的规定与种名的规定是一样的。如日本垂樱是江户彼岸樱（Prunus itosakura）的变种，但在命名上相反地则采取把江户彼岸樱为前者的变种型（Prunus Pendula var.ascendens）。

分类系统上设在种下的等级。在植物中，有些植株的性状与基本种不同，而以往是以花色（大部分的白花）、株形（垂樱）、叶形等某一性状的差异来划分变种，但最近，作为一个品种来考虑，则至少要有两三点差异，并且占有不同的地理分布的类型才常作为变种来处理。

变种病毒是指携带基因突变的病毒。RNA病毒因复制酶缺乏校对功能导致高突变率（每千至十万碱基错配一次）。突变类型包括点突变（碱基替换/插入缺失）、重组（基因组片段交换）和重排（分节段基因组重组）。自然选择会淘汰有害突变，保留增强适应性（如传染性）的变异。病毒准种现象表明同一宿主内存在大量遗传多样性病毒群体。

奥密克戎变异株与阿尔法、德尔塔等发生跨变种基因重组，2021年11月南非和博茨瓦纳样本中检出德尔塔克戎样变异株，其基因组呈现多态性。张其威教授和吴建国教授团队发现S蛋白L452R及R346K突变可能来自德尔塔及缪变异株重组，导致中和抗体效能下降。

奥密克戎BA.1亚变种含有18个核心突变，BA.2亚变种含有27个核心突变，这些突变赋予其更强的免疫逃逸能力，部分区域呈现返祖现象更接近原始毒株。

基因重组促进新冠病毒持续进化，导致传染性和免疫逃逸能力变化，奥密克戎S蛋白的突变使其对BNT162b2或mRNA-1273疫苗诱导的体液免疫产生抗性。该发现基于华南理工大学王真真团队在《Nature Communications》的研究。

LSC-Exo具有拦截多种SARS-CoV-2变异毒株进入宿主细胞的潜力，且在体内安全性良好，可作为广谱保护剂抵御现有及新发变种感染。该成果由王真真团队于2024年提出。