南菁书院由江苏学政黄体芳于光绪八年（1882年）创建于江阴县，得名于朱熹'南方之学，得其菁华'之语。书院原址为长江水师京口、游击协镇两署故址，左宗棠奏拨白银两万两筹建。以经史词章为核心教学内容，兼授天文、算学等实学。王先谦、张文虎等学者先后主持编纂《皇清经解续编》等典籍。1902年改制为南菁高等学堂，成为江苏近代高等教育的重要源头。

光绪八年（1882年），江苏学政黄体芳奏请两江总督。院址现存三进院落、青石板路及清代碑廊等建筑遗存。

书院参照杭州诂经精舍规制，分设经学（附性理之学）与古学（附天文、算学、舆地、史论）两科：

历任主讲包括张文虎（经学）、黄以周（礼学）、缪荃孙（史学）等朴学

书院设有专门的出版机构，重要文献包括：

藏书楼藏有八千卷楼等江南藏书家的珍本典籍，为生徒研习提供文献支持。

光绪二十六年（1900年），江苏学政李殿林推行改制：

改制后的学堂延续书院教育功能，成为江苏近代最早的高等教育机构之一。

现存文物实证包括：