南投县政府是中国台湾地区南投县地方自治事项的最高行政机关，承担执行中央机关委办事项、监督乡（镇、市）自治事务及维护公共安全等职能。其外文名称为Nantou County Government，曾制定《南投县建筑物施工中损坏邻房事件处理自治条例》，明确施工方提交邻房现况勘查报告书的义务及争议协调流程。该县政府主办两岸交流活动，如第11届“两湖论坛”聚焦民宿产业发展及环保、跨境电商合作。

在中国台湾地区政府架构中，为县自治的行政机关。由于1998年台湾省政府业务精简（虚级化），台湾省不再作为“地方自治法人”并改为台湾行政部门派出机关，因此自治监督机关改为内政部。同时南投县政府也是辖下乡、镇、县辖市的地方自治监督机关。