南开大学公共卫生与健康研究院成立于2020年5月，是南开大学为服务“健康中国”战略、提升公共卫生领域科技研发能力而设立的研究机构。研究院依托南开大学综合性学科优势，重点聚焦流行病和卫生统计学、传染病预警预测、新发病原体与生物安全等6个研究方向，致力于建设具有南开特色的公共卫生科研与人才培养基地。研究院与中国工程院院士徐建国担任院长，与天津医科大学共建天津公共卫生与健康联合研究院，同时南开大学公共卫生与健康研究院也揭牌成立，并与国家和天津市疾控中心开展战略合作。研究院正面向海内外招聘高层次人才，以加强科研团队建设。

2020年5月，为贯彻落实国家关于疫情防控与公共卫生建设的指示精神，南开大学整合多学科资源正式成立公共卫生与健康研究院。研究院成立当日，中国工程院院士徐建国受聘为首任院长。

研究院确立了6个重点科研领域：

流行病和卫生统计学

传染病疫情预警预测与疾控策略评估

新发病原体与生物安全

营养与食品卫生

环境与健康

医学人文社会科学

2020年7月29日，南开大学与天津医科大学合作共建的天津公共卫生与健康联合研究院揭牌成立，同时南开大学公共卫生与健康研究院也揭牌成立，徐建国院士同时担任两院院长。南开大学校长曹雪涛在揭牌仪式上表示，该合作将拓展天津市公共卫生学科布局，服务“健康中国”战略实施。

2021年9月23日，研究院举办“建设生物安全实验室”学术报告会，邀请袁志明研究员主讲。2023年4月，副院长王硕教授率团队与河北一然生物公司开展益生菌研究座谈。

研究院启动高层次人才全球招聘计划，涵盖高端人才、青年学科带头人等岗位，旨在打造高水平科研团队。