南宁综合保税区是2015年11月经
国务院批准设立的海关特殊监管区，位于
广西南宁市，由
南宁高新技术产业开发区托管。该区规划面积经2024年国务院批复调整为2.15平方公里，分两期开发建设，其中二期规划位于
南宁国际铁路港，面积1.254平方公里，2025年9月正式封关运营并享受综合保税区税收及外汇管理政策。其前身为2009年封关运作的南宁保税物流中心，2017年一期项目封关运营。2025年5月二期项目通过竣工验收，9月实现海关驻区监管，重点发展保税加工、保税物流和跨境电商等业态，巩固了其作为中国西南地区“无水港”的战略地位。该区依托南宁国际铁路港开展“区港联动”，建设
中越班列集拼业务，并通过智慧监管平台实现多维度融合管理。区域管理实行高新区统筹规划与
良庆区分担社会事务的协作机制。2025年12月，跨境贸易多区联动“智慧通”创新改革项目正式投运。
中国（广西）自由贸易试验区南宁片区跨境贸易多区联动“智慧通”创新改革项目于2025年9月开始试运行，2025年12月24日正式投运，由中国（广西）自由贸易试验区南宁片区管理委员会联合
南宁海关等部门统筹推进。项目创新构建“1个智慧监管平台+N个海关监管作业场所”联动模式，集成安全智能锁、AI图像识别、
卫星定位、
物联网等技术。实现跨境货物每车次平均监管核对时间从10分钟缩短到1分钟以内，整体通关耗时从3至4天压缩至1天。
“智慧通”项目每海关监管作业场所每年可减少30万元人工运营成本，企业跨境物流综合成本平均下降15%；依托项目技术支撑，2025年1—10月，
爱店口岸进出口货值达1193.4亿元，跃居广西边境陆路口岸第三位。覆盖南宁综合保税区、南宁吴圩国际机场口岸、爱店口岸，超过20家跨境贸易企业受益。未来计划深化“AI+跨境贸易”服务体系，优化平台功能，拓展联动区域，推动与
东盟国家合作。
南宁综合保税区规划建设总面积约8平方公里（含配套），包括现有
高速公路匝道、银海大道、金坛路、平乐大道以及现有高速公路南半环以南所围合区域，由围网内海关特殊监管区和围网外配套产业区、综合服务区三个功能区组成。其中，
海关特殊监管区约3.43平方公里，分三期开发建设，一期约1600亩，二期约2000亩，三期约1500亩；配套产业区约1.5平方公里；综合服务区约1.5平方公里。南宁综保区招商引资与项目建设工作成果丰硕，正在重点洽谈的项目或企业30多个，已入区、拟入区的项目22个，占地面积约2平方公里。
南宁综合保税区规划区域整体纳入高新区建设管理范围，除社会事务管理、征地拆迁安置等工作由良庆区按现行体制负责外，该区域的规划、土地、建设、环保、招商引资等工作由高新区实行统一领导、统一管理、统一推进，
高新区管委会按现行行政审批职能行使该区域各项土地规划、财税、建设等审批权限。
南宁综合保税区规划区域整体纳入高新区建设管理范围，除社会事务管理、征地拆迁安置等工作由
良庆区按现行体制负责外，该区域的规划、土地、建设、环保、招商引资等工作由高新区实行统一领导、统一管理、统一推进，高新区管委会按现行行政审批职能行使该区域各项土地规划、财税、建设等审批权限。
围绕促进形成连接西南经济腹地和边境口岸、海港的中心枢纽，打造服务于
中国—东盟自由贸易区贸易往来的海关特殊监管区和国际经济合作平台，在完善原有
保税物流功能基础上，进一步拓展口岸作业、保税加工两大功能，明确产业发展重点，着力打造以
电子信息产业为主的现代产业高地、以保税物流业为核心的现代服务业高地、功能完善的现代化城市新片区。
到2017年，开发建设形成规模。围网内一期基本建成，保税物流、电子信息等产业形成集聚带动功能；二期主要干道、供电、供水等基础设施和配套设施加快建设，部分项目加快建设。综合服务区基础设施和配套设施初步配套，
城市片区服务中心的商业、信息、文化等功能初步具备。配套产业区基础设施和配套设施基本完善，电子信息、装备制造等产业初步形成集聚效应。完成120万平方米标准厂房建设。2016—2017年，完成征地拆迁、基础设施建设等投入约50亿元。
到2020年，南宁综合保税区开发建设取得重大突破。基本形成以
电子信息产业为主的现代产业高地、以保税物流业为核心的现代服务业高地、功能完善的现代化城市新片区，有效带动
南宁市产业发展。2018—2020年，完成征地拆迁、基础设施建设等投入约50亿元。