《南华大学学报（自然科学版）》创刊于1987年，是由湖南省教育厅主管、南华大学主办的学术期刊。2004年由《南华大学学报（理工版）》更名为现名，2018年刊期由季刊改为双月刊。

1987年，《衡阳工学院学报》创刊。

1989年，经中华人民共和国国家科学技术委员会批准为中国国内外公开发行。

1995年，《衡阳工学院学报》更名为《中南工学院学报》。

2001年，《中南工学院学报》更名为《南华大学学报（理工版）》。

2004年，《南华大学学报（理工版）》更名为《南华大学学报（自然科学版）》。

2014年12月，该刊成为中国原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

2018年，该刊刊期由季刊改为双月刊。

《南华大学学报（自然科学版）》主要栏目有核科学与工程、矿业工程、机械工程·电气工程、数理·计算机科学、化学与化工工程·生物工程等。

2013年，“核科学与工程”栏目被评为第四届湖南省期刊优秀栏目。

《南华大学学报（自然科学版）》主要刊登核工程与核技术、土木工程、机械工程、艺术设计、计算机科学与技术、建筑环境与设备、电气工程、化学工程与工艺、资源环境工程、生物、制药、数学、物理学等学科（或专业）的基础研究和应用研究方面的学术论文。

据2020年3月《南华大学学报（自然科学版）》官网显示，《南华大学学报（自然科学版）》第六届编委会有编委63人。

据2020年3月20日中国知网显示，《南华大学学报（自然科学版）》共出版文献2310篇。

据2020年3月20日万方数据知识服务平台显示，《南华大学学报（自然科学版）》共载文1925篇、基金论文量为906篇。

《南华大学学报（自然科学版）》被中国科技信息研究所列为中国科技论文统计与分析期刊，是中国学术期刊（光盘版）来源期刊、中国核心期刊（遴选）数据库来源期刊、中国科学技术期刊文摘数据库（CSTA）收录期刊、中国核科学文摘收录期刊、国际原子能机构《INISATOMINDEX》收录期刊，被中国知网、万方数据知识服务平台、维普中文科技期刊等数据库收录。

据2020年3月20日中国知网显示，《南华大学学报（自然科学版）》总被下载302929次、总被引9356次，（2019版）复合影响因子为0.514、（2019版）综合影响因子为0.287。

据2020年3月20日万方数据知识服务平台显示，《南华大学学报（自然科学版）》被引量为8611次、下载量为48623次；据2017年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，该刊影响因子为0.34（自然科学综合大学学报刊均影响因子为0.43），在全部统计源期刊（6670种）中排第4600名。

《南华大学学报（自然科学版）》是Caj-cd规范获奖期刊。

1989年，该刊获得湖南省高校学报编辑质量二等奖。

1995年，在全国高校自然科学学报的评比中，该刊获得全国三等奖和湖南省二等奖。

2010年，该刊获得湖南省期刊协会首届湖南省期刊优秀装帧设计提名奖。

2012年，该刊获得第五届湖南省 “双十佳期刊”称号。

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