南京大学经济学系1978年恢复建系，1988年与原管理系合并组建国际商学院（后更名商学院）。现设经济学、财政学2个本科专业，政治经济学、国民经济学（投资经济方向）、西方经济学、产业经济学4个硕士专业，拥有理论经济学一级学科博士授权点和博士后流动站。政治经济学为国家重点学科双一流国家经济学基础人才培养基地、教育部特色专业。该系首创正教授为本科生授课制度及全员本科生导师制国家一流本科课程。现有教师团队包含南京大学人文社科资深教授、长江学者特聘教授及中央马工程首席专家。

主要培养现代经济理论扎实，知识面宽，适应能力强，能从事经济理论、经济政策的研究和教学工作,能从事财政金融、投资经济领域管理工作的专门人才。

近年来承担了许多国际合作科研项目以及国家级的科研项目，出版和发表了一大批专著、教材和论文，其中许多成果受到国家奖励，并产生了广泛的社会影响。1993、2001年两次获得国家优秀教学成果二等奖，2000年获江苏省优秀教学成果一等奖，1999年起，经教育部批准，经济学本科专业列为国家经济学基础人才培养基地。

该系还设有经济发展研究所，海峡两岸经济发展研究所及投资金融研究中心等研究机构。