南京大学中国社会科学研究评价中心成立于2000年4月，是产研一体的科学研究和咨询服务机构，也是“985工程”哲学社会科学创新基地。中心聚焦中文社会科学引文索引（CSSCI）数据库研发建设，开展人文社会科学文献的数字化加工、数据分析、科学研究、咨询服务等工作，并建设了CSSCI、中文学术图书引文索引（CBKCI）等多个引文数据库系统。

1997年，南京大学提出研制开发电子版《中文社会科学引文索引》的设想。1998年，南京大学将开发电子版《中文社会科学引文索引》列入学校重大项目。

1999年4月，在香港科技大学由南京大学蒋树声校长、香港科技大学吴家玮校长签订了两校共同研制、开发“中文社会科学引文索引”数据库（Chinese Social Sciences Citation Index，简称“CSSCI”）的协议。

1999年8月，教育部发文将《中文社会科学引文索引》列为教育部重大项目。

2000年2月，南京大学发布《关于成立南京大学中国社会科学研究评价中心等科研机构的决定》（南字发〔2000〕16号），张异宾任中国社会科学研究评价中心主任（兼），韩新民任中国社会科学研究评价中心副主任。

2001年，南京大学中国社会科学研究评价中心咨询委员会成立。

2003年7月，南京大学发布《关于调整南京大学中国社会科学研究评价中心管理体制的通知》（南字发〔2003〕132号），明确中心挂靠社会科学处，实行事业单位企业化运作。

2003年7月，南京大学中国社会科学研究评价中心咨询委员会第二次会议举行。2004年4月，全国人文社会科学研究定性与定量评价研讨会暨南京大学中国社会科学研究评价中心咨询委员会第三次会议召开。2004年9月，南京大学中国社会科学研究评价中心咨询委员会第四次会议召开。

2005年10月，南京大学中国社会科学研究评价中心咨询委员会更名为中文社会科学引文索引（CSSCI）指导委员会，中文社会科学引文索引指导委员会第五次全体会议召开。2007年6月，中文社会科学引文索引指导委员会第六次会议在苏州召开。

2007年11月，中文社会科学引文索引指导委员会第七次会议在南京召开，会议决定从2008-2009年起增设扩展版，审议通过CSSCI（2008-2009）来源期刊528种，扩展版152种。

2008年4月，周宪任中国社会科学研究评价中心主任（兼），王文军任中国社会科学研究评价中心副主任，沈固朝任中国社会科学研究评价中心副主任（兼），韩新民任中国社会科学研究评价中心副处级调研员。

2009年3月，南京大学中国人文社会科学评价国家创新基地主办召开人文社会科学评价学术研讨会。

2009年12月，中文社会科学引文索引指导委员会第八次会议召开，会议审定通过了CSSCI来源期刊（2010-2011）目录（527种）和 CSSCI扩展版来源期刊（2010-2011）目录（173种）。会议发出“关于科学对待、合理使用中文社会科学引文索引（CSSCI）的倡议书”。

2011年，“985”工程《中文社会科学引文索引》三期建设方案获得学校批准。

2011年12月，中文社会科学引文索引指导委员会第九次会议召开，会议审议通过了CSSCI（2012-2013）来源期刊为535种，扩展版来源期刊为179种，收录集刊120种。

2012年10月，“CSSCI文献集成化处理系统”研发完成并上线服务。

2013年12月，中文社会科学引文索引指导委员会第十次会议召开，会议审定了CSSCI（2014-2016）来源期刊为533种，扩展版来源期刊为189种，收录集刊145种。

2014年6月，“中文学术图书引文索引”第一次专家研讨会召开。2015年1月，“中文学术图书引文索引”第二次专家研讨会召开。

2015年5月，“CSSCI”16、41类商标注册完成；7月“CBKCI”、“BKCI”三个商标9、16、35、41、42类商标注册完成。2015年7月，南京大学与中国图书评论学会在北京共同召开“中文学术图书引文索引”项目成果发布会，“中文学术图书引文索引”数据库首次发布。

2015年10月，王文军任中国社会科学研究评价中心主任（南字任〔2015〕10号）。

2017年1月，中文社会科学引文索引（CSSCI）建设专家咨询会召开，会议审议通过了CSSCI（2017-2018）来源期刊为52种，扩展版来源期刊为202种，收录集刊191种。

2017年8月，南京大学发布《关于印发〈南京大学关于重点支持建设中国人文社会科学综合评价数据库的实施意见〉的通知》（南字发〔2017〕145号）。

2017年12月，召开中国人文社会科学综合评价研究院成立大会暨《中文学术图书引文索引》正式上线运行发布会。

2018年，“中文学术出版物测评发布系统平台”研发完成，该系统是一个开放性的出版物信息采集、专家在线评审、数据在线发布的共享平台；CSSCI英文版（2015-2018）一期建设完成并于2018年底正式上线。

2018年7月，中心搬迁至南京大学鼓楼校区东北楼办公。

2019年7月，正式发布《关于CSSCI收录台湾学术期刊的公告》，是中国大陆第一个收录台湾地区学术期刊的学术数据库，确定将15个学科30种台湾地区人文社科类学术期刊纳入CSSCI数据库来源期刊目录。

2020年4月，南京大学中国社会科学研究评价中心研制的“中文学术集刊索引数据库”、“中文学术集刊虚拟图书馆”正式上线；“中国人文社会科学综合评价资源平台”研发完成并上线服务。

2020年11月，南京大学中国社会科学研究评价中心承办的第八届全国藏学期刊协调会召开。

2021年4月 ，“中文社会科学引文索引（CSSCI）”建设专家咨询会召开，会议审定了CSSCI（2021-2022）目录为来源期刊612种（含台湾地区学术期刊30种），扩展版231种，集刊223种。

2023年6月，“中文社会科学引文索引（CSSCI）”建设专家咨询会召开，会议审定了CSSCI（2023-2024）来源期刊、扩展版来源期刊、港澳台期刊、民族语言文字期刊以及来源集刊目录。正式将藏文学术期刊纳入期刊评价体系，完成了将民族语言文字学术期刊纳入CSSCI的历史性突破。

2024年8月，巫强任中国社会科学研究评价中心主任（《南京大学关于巫强、王文军职务任免的通知》（南任字〔2024〕32号）。

2024年12月28日，哲学社会科学期刊高质量发展研讨会开幕，来自全国近200家哲学社会科学期刊的近300名代表参会，该会由南京大学中国社会科学研究评价中心通知参会。

2025年8月，“中文社会科学引文索引（CSSCI）”建设专家咨询会召开，会议审定了CSSCI（2025-2026）来源期刊、扩展版来源期刊以及来源集刊目录。

南京大学中国社会科学研究评价中心以CSSCI数据库研发建设为中心开展人文社会科学文献的数字化加工、推广服务、科学研究等工作。

南京大学中国社会科学研究评价中心建设了中文社会科学引文索引（CSSCI）数据库、中文学术图书引文索引（CBKCI）数据库、中文社会科学引文索引（扩展版）数据库、学术集刊引文索引数据库、港澳台及海外华文引文索引数据库等多个人文社科引文数据库系统，并同步开展学术期刊、学术集刊、学术图书等学术出版的相关研究。

南京大学中国社会科学研究评价中心除了向全国高校科研机构提供CSSCI数据服务，同时开展下列方向研究：（1）引文分析、知识库与人文社科评价研究；（2）哲学社会科学研究现状与趋势研究；（4）人文社会科学信息资源与研究状况评价研究。中心已经完成的项目有：国家社科基金重大课题“建立和完善哲学社会科学评价体系研究”、教育部人文社会科学研究重大课题攻关项目“中文社会科学引文索引研制及社会科学评价体系研究”、“集刊调查研究”等。

南京大学中国社会科学研究评价中心开发研制的“中文社会科学引文索引”（CSSCI）系列数据库已被国内外数百所高等院校和科研院所订购或包库使用，在我国学术界和期刊界产生了重要影响。