卑南原为清代台湾东部行政建制，光绪元年（1875年）沈葆桢筹划防务时将同知移治卑南，成为后山地区早期治理据点。光绪十三年（1887年）台湾建省时，刘铭传奏议将卑南厅升格为台东直隶州核心区域，确立其南路防务的战略地位。1892年正式改卑南厅置县，1945年并入台东县，现存卑南乡延续其地名脉络。

光绪元年（1875年），闽浙总督沈葆桢实施「开山抚番」政策，将南路理番同知由枋寮移驻卑南，强化后山地区治理。1887年台湾建省后，首任巡抚刘铭传奏请将卑南厅改制为台东直隶州，设直隶州同专辖。至光绪十八年（1892年），经行政层级调整正式设立卑南县。

辖区位于台东纵谷南端，西北接中央山脉，东南临太平洋，扼守后山南北交通要道。《云林县采访册》记载该地是清代「八通关古道」终点，连接前山与后山的重要节点。文献中「北以苏澳为总隘，南以卑南为要区」的描述，凸显其军事地理价值。

作为台东直隶州治所，承担三项核心职能：

1945年台湾光复后实施行政整并，卑南县建制撤销，辖区整体并入新设立的台东县。原县治所在地发展为台东市，西北部保留卑南乡行政区划。

卑南遗址发现于1980年代，考古证实此为距今3000-2000年的石板棺墓葬群。虽非行政建制直接遗存，但印证该区域在史前时代已形成聚落中心，为后世行政设置提供人文地理基础。