北京市自然科学奖是由北京市政府设立，旨在奖励在自然科学领域取得重大科学发现或突破的科技工作者。该奖项首次于2019年分设，与
北京市技术发明奖、
科学技术进步奖并列，截至2020年共颁发两次。获奖项目涵盖物理、化学、医学等多个学科，代表北京市自然科学研究的最高水平。
2022年度：2022年度北京市自然科学奖一等奖授予“代谢性疾病的发病机制与干预策略研究”（提出“肠治”新理论，揭示肠道菌群与代谢疾病关联），另有二等奖涉及有机电子学、心血管疾病等领域。
北京市自然科学奖根据《北京市科学技术奖励办法》设立，奖励在基础研究和应用基础研究中阐明自然现象、特征和规律，做出重大科学发现的个人或团队。奖项分设一、二等，每年评审一次。2020年8月，根据《北京市科学技术奖励办法》规定，经北京市科学技术奖励评审委员会评审、市科学技术奖励委员会审定和市政府批准，授予“
基于含氮化合物构建的氮化反应”等5项成果北京市自然科学奖一等奖，授予“
新型生物信息微纳传感器应用基础研究”等10项成果北京市自然科学奖二等奖