分离方法是指将所需物质从混合物中分离出来的技术，其分类基于物质的物理和化学特性，广泛用于小分子与生物大分子混合物的纯化过程。该定义最早见于《科学技术方法大辞典》。

仅蛋白质混合物的分离方法就有多种：①按照分子的大小进行分离，有透析法、超滤法、密度梯度离心法、凝胶过滤法。②利用溶解度差进行分离，有：利用等电点沉淀和pH的控制技术;利用蛋白质的盐溶和盐析技术;利用有机溶剂萃取分离法。③根据电荷的不同进行分离，有电泳法和离子交换法。④利用蛋白质的选择性吸附进行分离。⑤根据对配位基的生物学特异性进行分离，有亲合层析法。