农林水产省是日本主管农业、林业、水产行业行政事务的中央省厅，根据《农林水产省设置法》设立，首长为农林水产大臣铃木宪和。下设消费安全局等部门负责食品安全管理，外局包括林野厅、水产厅等机构。

日本农林水产省24日说，基因检测结果确认，京都府一个农场发生高致病性禽流感疫情，这是本禽流感流行季日本暴发的第9起疫情。疫情发生在京都府龟冈市一个家禽农场，该农场饲养了约28万只蛋鸡。京都府相关部门23日接到通报，当天对该农场饲养的鸡实施了禽流感简易检测，检测结果呈阳性；24日，基因检测结果确认感染了高致病性禽流感病毒。

决定对这家农场的鸡进行扑杀、焚烧和掩埋处理，划定农场周边半径3公里以内为“移动限制区域”、半径3至10公里为“搬出限制区域”，并在农场周围加强消毒，向当地派遣流行病学调查小组，必要时由农林水产省等派遣专家。根据日本《家畜传染病预防法》，“移动限制区域”内的家禽尸体等限制移动，“搬出限制区域”内农场的禽类和蛋类产品不能运输到区域外。每年秋冬到次年春季是日本的禽流感流行季，此前的8起疫情已导致近240万只鸡被扑杀，今年10月22日日本确认本流行季第1起禽流感疫情。

2025年12月25日，日本农林水产省确认茨城县一家养鸡场暴发高致病性禽流感疫情，为本流行季第10起。疫情发生于茨城县城里町一家蛋鸡农场，饲养约97万只蛋鸡，基因检测确认感染高致病性禽流感病毒(H5亚型)。决定对农场鸡只进行扑杀、焚烧和掩埋处理，划定移动限制区域和搬出限制区域，并采取消毒和派遣流行病学调查小组等防疫措施。

2025年12月30日，日本农林水产省通报确认埼玉县一家农场发生高致病性禽流感疫情。疫情发生在埼玉县岚山町一家蛋鸡农场，饲养约24万只蛋鸡。这是本禽流感流行季日本全国第12起疫情，也是首都圈地区本季首次确认疫情。埼玉县将对疫情农场的全部鸡只进行扑杀处理，并对污染物品消毒，对周边农场家禽采取限制移动措施。

2025年12月22日，中国海关总署正式通知即日起暂停所有日本水产品进口，暂停原因包括日本首相高市早苗在台湾等重大问题上的错误言论引起中国民众的强烈公愤，以及日方未能提供所承诺的技术材料。

根据日本农林水产省数据显示，2024年日本渔业产品出口总额为3609亿日元，较上年的3900亿日元下降7.5%；2024年日本对中国内地出口的农林水产品同比下降689亿日元，降幅约29%；日本海参出口同比下降64亿日元，降幅38%。

专家估算日本水产相关行业一年的损失或将超过1100亿日元，日本在野党就此对日本政府提出质询，北海道当地政府召开紧急对策会议。

它是根据《农林水产省设置法》（平成十一年法律第98号）而设立的。其首长是农林水产大臣。它原来的名称是农林省（のうりんしょう），自1978年7月5日的200海里水域问题成了重要的水产行政问题，才被改名为农林水产省。但日本民间依然习惯称其为“农林省”。

农林水产大臣：铃木宪和

农林水产副大臣：根本幸典

大臣官房 - 省内综合调整。

总合食料局 - 监管国内外的食物政策、食品物价稳定调整、米的生产调整。

消费安全局 - 监管保护食品消费者、农林水产物的生产过程的风险管理。

生产局 - 监管农畜产物的生产和管理。

经营局 - 监管改善农协、农业构造、农业者公积金等等。

农村振兴局 - 振兴农村、渔村、都市农业、确保水土得到农业利用、都市农村间的交流、农业关连资本整备等等。

农业资材审议会

食物・农业・农村政策审议会

兽医事审议会

农林渔业保险审查会

独立行政法人评价委员会

农林物资规格调查会

植物防疫所

那霸植物防疫事务所

动物检疫所

动物医药品检查所

农林水产研修所

农林水产政策研究所

农林水产技术会议

地方农政局：东北、关东、北陆、东海、近畿、中国四国、九州

北海道农政事务所

北海道统计情报事务所

林野厅

水产厅