农业部淡水生物多样性保护重点实验室成立于1985年7月，原名“淡水鱼类种质资源与生物技术重点开放实验室”，是我国淡水渔业领域首个国家级重点实验室。2008年重组为现机构，2018年更名为农业农村部淡水生物多样性保护重点实验室，依托中国水产科学研究院长江水产研究所建设。实验室聚焦濒危鱼类保护、种质资源利用和可持续渔业技术，在中华鲟等珍稀物种保护领域取得突破性成果。现有科研团队60余人，拥有2500平方米实验场地和超6000万元仪器设备。

。2008年重组为农业部淡水生物多样性保护重点实验室，2018年更名为农业农村部淡水生物多样性保护重点实验室。历经七期开放课题申报，2024年仍保持学科群专业实验室地位。

截至2019年拥有60余人团队，高级职称占比50%，博士学历超70%。下设5个学科组：

。建有国家农业科学渔业资源环境武汉观测实验站等4个科研平台。

与美、日、捷克等30国科研机构建立合作，承担国际技术援助项目。

每两年实施开放课题申报，单课题资助10万元/2年。纳入由20个实验室组成的学科群体系，2011年被列为专业性重点实验室。2024年持续推进管理信息系统建设。