内种皮是种子种皮系统的内层组织，由薄壁细胞构成。其与外种皮形成互补结构，外种皮通常较厚且具有颜色、斑纹等特征，而内种皮呈薄膜状直接包裹胚，在种子休眠、萌发等生理过程中承担保护功能。
内种皮由多层薄壁细胞构成，细胞排列松散且细胞壁较薄，与外种皮的厚壁细胞形成对比。在成熟种子中，其细胞原生质体消失，仅保留细胞壁结构，与胚乳或胚直接接触形成保护界面。
蓖麻等典型双子叶植物种子中，内种皮可清晰观察到与外种皮的叠层关系：外种皮含色素沉积层与机械保护层，内种皮则呈现半透明薄膜状包裹胚乳。单子叶植物如水稻的内种皮在发育后期常退化为残留痕迹。
其结构特征直接影响种子休眠周期与寿命。例如豆类种子内种皮薄膜的完整性可延长休眠状态，而禾谷类残留内种皮则加快吸水萌发速率。实验研究表明，物理损伤内种皮可显著提高
玉米种子的萌发率。