土壤养分损失主要体现为氮、磷等元素通过微生物驱动的氮循环过程流失。硝化与反硝化作用导致气态氮以N2O、N2等形式逸出土体，其中反硝化作用被认为是需重点防控的氮素损失途径。微生物参与的磷循环通过有机磷矿化和固磷作用调控有效性。丛枝菌根真菌等微生物种群可通过改变氮矿化速率、增强解磷能力等机制调节养分损失路径。

微生物主导的氮循环含硝化与反硝化两个核心过程。硝化作用将铵态氮转化为硝态氮，增加硝酸盐淋溶风险；反硝化作用则使硝态氮逐步还原为N2O、N2等气态产物，该过程造成的氮损失量可达施肥量的15%-40%。热带农田研究表明，淹水条件下的反硝化损失速率较旱地提升3-5倍。

磷素流失主要通过径流与淋溶途径：

2015年定位观测数据显示，玉米连作地磷素年径流损失量达2.8kg/ha，其中微生物活动贡献率达62%。

丛枝菌根真菌可通过延长菌丝网络扩大养分吸收范围，减少硝酸盐向深层土壤迁移：

田间试验表明，接种菌根真菌可影响氮素利用率和磷素流失量。

土壤质地、水分条件和耕作方式共同影响养分损失强度：

防控策略聚焦微生物过程干预：