全国工程硕士研究生教育创新院校是由全国工程硕士专业学位教育指导委员会依据教指委[2010]9号文件组织评选的院校荣誉称号。该评选要求参评单位在工程硕士培养体系改革、校企合作模式创新、实践教学成效等方面具有突出表现，重庆大学，北京交通大学、中南大学等院校因特色领域建设成效入选。评选程序包含院校申报、专家评审、教指委审定等环节，2011年首次评选共50所院校获此称号。

为推进工程硕士专业学位教育改革，全国工程硕士教指委于2010年启动创新院校评选工作。该项评选旨在通过树立标杆院校，促进培养单位在课程体系改革、校企协同培养、实践创新能力训练等方面的经验交流。2011年首批评选覆盖全国314所工程硕士培养单位。

评选采取三级评审制度：

最终结果需经公示程序确认，特色工程领域评选与创新院校评选同步开展。

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中南大学作为首批全日制工程硕士试点单位，建立了产学研一体化培养体系，其25个工程领域中有3个获评特色领域。该校在生源选拔、职业资格衔接等方面形成制度创新。

西安交通大学依托机械工程等优势学科，通过校企联合实验室建设实现培养过程与产业需求精准对接，其特色领域培养方案入选教指委示范案例。

与创新院校评选同步进行的特色工程领域评选，重点考察专业领域建设的行业适配度与实践教学成效。河海大学水利工程领域通过制定全国首部专业学位标准，保持该领域招生规模全国首位。华南理工大学工业工程。截至2011年评选，全国共170个工程领域获此称号。

首批50所获奖院校涵盖多类高校：

该评选推动了工程硕士教育的标准化建设，促使培养单位建立质量跟踪机制。据2011年统计数据显示，获奖院校平均校企合作基地数量较参评前显著增长。