免疫应答基因（Ir基因）是控制机体对抗原免疫应答强度的遗传因子。该概念由Benacerraf等人于1963年通过豚鼠实验首次确立，证实单基因显性遗传可调控免疫应答强度。后续研究将该类基因定位至主要组织相容性复合体（MHC）中，在人类、小鼠等物种均发现其位于MHC的特定区域（如小鼠H-2 I区、人类HLA区域）。其作用机制表现为通过编码Ia抗原，选择性地结合抗原决定簇激活T细胞，缺陷将导致免疫低应答。研究还揭示了该类基因的功能多样性，既包含与MHC II类基因相关的经典调控路径，也涉及MHC I类基因与非MHC基因的关联。

1963年Benacerraf研究组在豚鼠实验中发现，对合成抗原的免疫应答能力呈现孟德尔式显性遗传特征，首次提出免疫应答基因概念。该发现推翻多基因应答假说，证明单基因可控制特定抗原的免疫反应强度，奠定Ir基因研究的理论基础。

1970年代McDevitt团队通过重组系小鼠模型，将Ir-1基因精确定位于MHC的H-2 I区，并通过K区和I-A亚区的功能解析，揭示其与T细胞激活的直接关联。跨物种研究证实该规律的普适性：人类Ir基因位于HLA区域，大鼠、恒河猴等哺乳动物中亦发现MHC连锁的Ir基因簇。

Benacerraf提出的决定基选择模型表明，Ir基因编码的Ia抗原能特异性识别抗原分子特定表位，该结合过程是激活T细胞的必要条件。当Ir基因缺陷时，抗原呈递细胞无法有效呈递抗原决定簇，导致T细胞应答缺失或显著减弱。

分子机制研究表明，Ia抗原与抗原结合形成复合体后，通过MHC限制性识别途径激活CD4+ T细胞，进而调控B细胞抗体产生及细胞免疫应答强度。

Ir基因的功能范畴超出经典MHC II类基因范畴：

1975年Benacerraf等发现的免疫抑制基因（Is基因），通过调控抑制性T细胞（Ts细胞）活性，实现对免疫应答的负向调节。该发现拓展了Ir基因系统的边界，形成包含正向激活与负向抑制的完整调控体系。