元树在父亲
元禧谋反死后，失去宗室属籍，穷困潦倒，缺衣少食，受到彭城王
元勰收养接济。长大以后，有美好的容貌，善于谈吐，具备将帅的谋略。孝明帝时期，累迁
宗正卿。
天监八年，归顺
南梁，受到梁武帝
萧衍格外器重，册封
邺王，拜员外
散骑常侍。多次带兵窥伺北魏边境。当时北魏的扬州向南梁投降，士兵很多，南梁将军湛僧珍担心士兵们改变主意，想要将他们全部杀死，元树因为自己国家的关系，允许士兵都返回。
梁
大通二年（528年），得知
尔朱荣发动
河阴之变，弑杀幼帝
元钊、
胡太后和诸王大臣，向梁武帝请求讨伐尔朱荣。此时，北魏郢州刺史
元愿达献出郢州归顺南梁，元树受命迎接元愿达。
中大通二年（530年），担任侍中、镇右将军。中大通四年二月壬寅（532年2月28日），出任使持节、镇北将军、都督北讨诸军事，加鼓吹一部，随从元法僧进攻北魏，攻占了谯城。孝武帝元修即位，下令御史中尉
樊子鹄为行台，率领徐州刺史杜德、舍人李昭前往讨伐元树。听从金紫光禄大夫张安期劝说，元树放弃城池回到南方，双方杀马盟约。元树仗着誓约，不做战备。杜德袭击并且擒获元树，押送到洛阳，安置在寺庙中，赐令自杀，虚岁四十八。
孝静帝
元善见即位，元树的儿子
元贞跟随东魏的使者
崔长谦前往邺城安葬元树，魏孝静帝下诏，追赠元树大将军、侍中、都督青徐兖扬豫五州诸军事、
太师、司徒公、
尚书令、扬州刺史。
孝武帝初年，元树被俘虏，他的弟弟元坦见到元树年龄较大且贤能，担心元树取代自己的爵位，秘密劝说朝廷依法杀了元树。元树知道后，流泪对着元坦说：“我以往因为遭遇家难，不能为之而死，寄食于江湖之上，接受了他们的封爵和任命。如今回来，不是为了节义，只求存活而已，哪里指望荣华富贵。你乱加猜测，忘记了兄弟的情义。腰背魁伟，却没有一点令人称誉的美德。”元坦变了脸色离开。元树死时，
元坦竟然不去哭丧。
没多久，杜德忽然得了狂病，说：“元树不停打我。”杜德直到死都这样惊叫不停。舍人李昭不久奉命出使秦州，到潼关驿站，晚上梦见元树说：“我已经向天帝上诉，等到阁下到关陇，终究不会放过你。”李昭醒来后心中厌恶，等到了陇口，为贺拔岳所杀。
樊子鹄很快被为达野拔所杀。
元树虚岁十五时投奔南方，还没有富贵，每次见到嵩山的云向南飘来，总是伸着脖子感慨万端。元树当初从南梁出发时，见到心爱的美人玉儿，玉儿将金指环送给元树作为离别信物，元树常戴着它。被俘之后，元树将金指环寄回南梁，表达一定回去的决心。