《元朝史新论》是萧启庆1999年由允晨文化实业股份有限公司出版的蒙元史研究论文集，ISBN为957-9449-91-0。该书延续作者对元代政治、社会与文化的研究脉络，聚焦元朝作为游牧民族建立的首个统治全中国王朝的特殊性。全书包含通论篇、专论篇与评介篇三部分：通论篇分析元朝统一进程、族群政策及其对中国历史的影响；专论篇以科举制度、多族士人圈形成、高昌偰氏家族仕宦等专题研究元代社会特征；评介篇梳理中外蒙元史学术研究成果。书中《元代科举与菁英流动》《元代多族士人圈的形成初探》等章节通过具体案例呈现元代族群互动与文化融合。

元朝是中国史上的一个特殊朝代，元史也是最为特殊的一个研究范畴。元朝不仅是第一个由游牧民族所建造而统治全中国的王朝，而且是一个包拥欧亚之世界帝国的一部份。历史情境与其他各朝不同，因而形成元史研究特有的风格。

《元朝史新论》是萧启庆教授第三部蒙元史论文集，其中有通论、有专论、亦有评介。〈通论篇〉六文较为宏观，讨论元朝的统一与统合、族群政策与族群关系、蒙元统治对中国影响，以及宋元及元朝之际的遗民等重大问题。〈专论篇〉五文则深入探讨元代社会文化史上的若干课题，包括科举与菁英流动、多族士人圈的形成，高昌偰氏士宦与婚姻、色目士人金哈剌及其失传以久的诗集，和多元民族国家的沟通人物等。而〈评介篇〉则有两篇讨论中外蒙元史现状与发展的论文。整体而言，可说是宏观与微观并容，研究与检讨兼顾。

此书反映出萧教授的学术水平，有如评论者所言：「他是在世界元史学界占重要地位的史学家」，「中英文著作甚多，学术水准皆保持相同的高度，至可钦佩。…他对个别问题分析十分精到，但又能见其大，得出有意义的新结论。」(国科会《人文与社会科学检讯》第1卷第2期[1987]，〈杰出奖得奖人简介〉)。