侵华日军南京大屠杀史研究会成立于1995年8月14日，挂靠于侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆，前身为1983-1985年间成立的南京大屠杀史编辑研究办公室，是由南京地区专家学者组成的学术性社会团体。研究会以推进南京大屠杀史研究、维护历史事实为宗旨，现有个人会员86人。

研究会成立以来，累计发表论文超过180篇，出版《人类记忆：南京大屠杀实证》等著作，推动《南京大屠杀史》多语种海外发行。会刊《日本侵华南京大屠杀研究》于2019年入选CSSCI扩展版。2023年，研究会举办新书发布会及文物史料征集活动。研究会会员胡卓然发现《西京日报》实证案例，该案例为迄今发现的最早以幸存者身份控诉侵华日军暴行并见诸报端的实证。其中对黄光汉身份考证典型案例，通过比对1937年《抗战摄影集拉贝日记励志社档案中的地址信息，确立了跨语种文献比对的实证研究范式，进一步深化实证研究。

研究会组织专家通过《拉贝日记黄光汉。该研究破解了《拉贝日记》研究领域持续28年的身份谜题，为中国空军抗战史补充了飞行员隐匿南京、国际友人营救等细节。张生会长指出，此成果实现了战时日记与家属口述的首次交叉印证。2025年12月12日，研究会会员胡卓然在重庆图书馆发现1938年1月9日《西京日报》刊载的题为《一位守护南京的壮士》的报道，该文以幸存者陈庆华的自述形式控诉日军暴行，是迄今发现的最早以南京大屠杀幸存者身份控诉日军暴行并见诸报端的实证。南京师范大学副校长张连红教授评价该发现具有重要文献价值。

研究会成立于1995年8月14日，由南京社会各方面的专家学者组成，成员来自南京大学、中国第二历史档案馆等机构。第五届理事会期间（2016年至2023年），研究会获评2019年度南京市4A级社团。2023年2月7日，第六届会员大会召开，选举张生连任会长，新会员比例达50%，青年学者占比显著提升。

研究会实行理事会制度，现任顾问包括张宪文教授，新任理事涵盖历史学、国际传播等多领域学者。会员来自高校、档案馆等机构，青年学者占比超过50%，如90后会员陈海懿致力于国际学术交流。

研究会开展和平教育活动、青年课题及学术研讨会，如2023年举办第二届南京大屠杀史研究青年学者研讨会。此外，研究会与纪念馆合作，参与南京国际和平集会等活动，推动历史共识构建。