云林县政府是台湾省云林县的行政机关，置县长一人对外代表云林县，综理县政并指挥监督所属机关及员工，下设政风处、主计处、人事处等18个职能部门，办理自治事项及上级委托事务，另设副县长襄助县长、秘书长处理县政事务。县治设于斗六市，行政区划包含1市5镇14乡。1998年台湾省政府虚级化后，云林县政府名义隶属台湾省，实际管辖权直属于行政院。

云林县政府（YunlinCountyGovernment）是台湾省云林县的最高行政机关，在台湾省政府架构中属于县政府位阶。由于西元1998年将台湾省政府移除“自治法人”地位并简并改组为行政院派出机关（有“政府”之名，而无政府之实），称为精省、冻省或台湾省虚级化，云林县表面上是直隶于台湾省政府，但事实上是直隶于行政院管辖。