《乾嘉学派研究》以清代乾隆至道光中叶的学术主流为研究对象，系统梳理乾嘉学派形成与演变的历史脉络。该书突破吴皖分派传统范式，运用历史过程研究方法，通过《乾嘉学术编年》等学术实践记录学派发展轨迹，探讨汉学专精与社会环境互动的时代特征。全书六章涵盖四库修书政策影响、古学复兴思潮、经史考证体系确立等内容，附录收录章学诚家书考证成果。

乾嘉学派研究肇始于章太炎、梁启超的奠基性论述，钱穆提出“吴皖非分帜”突破地域分派框架，陈祖武主张“从历史实际出发进行具体研究”。陈祖武团队在继承侯外庐历史过程研究范式基础上，于1992年发表《乾嘉学派吴皖分野说商榷》，主张通过原始文献考辨还原学派真实面貌。这一方法论成为2005年版著作的学术根基。

2012年完成的《乾嘉学术编年》以年表形式系统整理乾隆元年至道光十九年学术史资料，形成与本书互为支撑的编年体系。

该书采用四重证据法构建研究体系：

全书分为六章及附录：

附录收录章学诚家书考证成果，揭示其'六经皆史'理论形成过程。

该著作首次系统论证乾嘉学派作为历史合力的本质特征，提出三大创新观点：

2024年商务印书馆再版增补道光二十年后的学术编年资料，但2005年初版仍被视为学派断代研究的典范之作。