乌鲁木齐综合保税区是
国务院2015年7月批准设立的
新疆第三个综合保税区，规划面积2.41平方公里，2018年6月封关运营，位于
乌鲁木齐市头屯河区，紧邻
铁路集装箱中心站和
乌奎高速公路。该区定位为集国际贸易、保税物流、出口加工于一体的海关特殊监管区域，实行国外货物入区保税、国内货物入区退税、区内交易免征增值税等政策。
据
乌鲁木齐海关统计，除刚刚获批的乌鲁木齐综合保税区外，新疆已有喀什综合保税区、阿拉山口综合保税区、
中哈霍尔果斯国际边境合作中心、乌鲁木齐出口加工区和奎屯保税物流中心（B型）等5个海关特殊监管区在运营中。
乌鲁木齐海关监管通关处处长阿里木·吾布力介绍，乌鲁木齐综合保税区将不仅发挥“溢出效应”与产业聚集作用，还将充分发挥综合保税区功能，实现保税加工、物流、仓储和展销展示等综合功能。乌鲁木齐海关将按照“同步规划、同步建设、同步宣传政策、同步招商引资、同步封关运作”的要求，协助地方政府做好乌鲁木齐综合保税区下一步建设、运营的论证、咨询、服务工作。乌鲁木齐综合保税区获批，这将成为新疆向西开放的又一重要载体和促进首府对外开放经贸发展的重要平台。
乌鲁木齐综合保税区定位于集国际贸易、保税物流、出口加工等一体的综合性保税区。主要税收政策为:国外货物入区保税;货物出区进入国内销售按货物进口的有关规定办理报关手续，并按货物实际状态征税;国内货物入区视同出口，实行退税;区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税。