中央杏仁核（CeA），又称杏仁中央核，是杏仁核皮质内侧核群的重要组成部分，位于颞叶背内侧部。其通过终纹等投射连接下丘脑、脑干等区域，调控自主神经反应、内分泌功能及情绪行为，并参与恐惧条件反射、应激激素分泌等生理过程。结构上可分为内侧中央核（CeM）、外侧中央核（CeL）和中央囊区（CeC），其中CeM负责信息输出，CeL与厌恶刺激处理相关。

含有大量多巴胺纤维末梢，和新纹状体关系密切。

中央杏仁核与行为、自主神经系统、内分泌有关。

杏仁核又名杏仁体(amygdaloid body)，是一灰质块，位于颞叶的背内侧部、侧脑室下角尖端的前上方。其表面该有海马回沟的皮质。

一般杏仁核分为两部，即基底外侧核群和皮质内侧群。

皮质内侧核群形成杏仁核的背内侧部。皮质内侧核群包括：①前杏仁区；②外侧嗅束核；③内侧杏仁核；④皮质杏仁核；⑤中央杏仁核。人类的外侧嗅束核最发达。基底外侧核群在人脑是最大且分化最好的部分，它包括：①外侧杏仁核；②基底杏仁核；③副基底杏仁核，其内侧与嗅觉功能区有联系，外侧与屏状核有联系。其背侧的一部被豆状核所遮盖，向后连于尾状核。来自侧嗅纹的纤维，经皮质内侧核群，并没有纤维终于基底外侧核群。

基底外侧核群是杏仁核的非嗅觉功能区，它接受脑干网状结构和梨状区皮质来的纤维可能还接受颢下回的部分纤维：杏仁核发出的纤维，大部组成终纹：自杏仁核腹侧发出的纤维，向内侧经豆状核腹侧，终于视前内侧核、下丘脑前核、视上核团和腹内侧核。自杏仁核脊侧发出的纤维，向内侧经豆状核腹侧，终于无名质、视前外侧核团和下丘脑区、隔区、斜角核以及嗅结节等。还有部分纤维越过视前区，终于丘脑。