中国紫檀博物馆横琴分馆是首都外首家分馆，于2019年12月18日开馆。总建筑面积12000余平方米，采用仿明清古典建筑风格，设有中央大厅、陈列厅等六大功能区域，集艺术展示与文化交流于一体。馆内常设明清紫檀家具展陈，包含1:1还原的正大光明殿模型及老北京古城门建筑模型，全面展示传统榫卯工艺。2023年开展非遗活化实践，举办《椅子》特展等跨界文化活动，年均接待逾30个研学团队。实行周三至周日开放制，成人票价45元起。

主体建筑由故宫专家团队指导设计，采用飞檐斗拱、金箔贴饰等传统工艺。正门参照故宫乾清宫形制建造，外立面运用黄琉璃瓦覆顶与汉白玉栏杆，呈现宫廷建筑精髓。内部空间包含中央大厅、多功能厅等区域，其中中央大厅挑高18米，可容纳大型艺术装置展示。

一层常设展厅展出中国紫檀博物馆珍藏的明清家具，包含紫檀雕云龙纹宝座、黄花梨四出头官帽椅等60余件精品。专题展区设有1:1复刻的紫禁城正大光明殿模型，配套展示太和殿金砖墁地工艺。佛教艺术专区陈列檀香木雕千手观音像与紫檀佛龛，展现雕刻镶嵌技艺。

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实行预约参观制（截至2025年），每日16:30停止售票。馆内设文创商店销售紫檀木雕工艺品与家具模型。