中国科学院分子植物科学卓越创新中心是中国科学院直属的独立事业法人科研机构，前身为1999年合并组建的中国科学院上海植物生理生态研究所。2016年依托分子植物卓越中心设立中科院直属机构，2019年获批独立事业法人资格，2020年3月正式成为实体化运行的独立法人单位，现任领导为党委副书记、副主任张余（主持工作）和副主任巫永睿。

2022年共发表SCI研究论文350余篇。聚焦作物高产稳产的育种目标，成功挖掘出由两个新基因TT3.1和TT3.2组成的抗热遗传模块TT3，并揭示其协同调控水稻抗热性的分子机制，为提高作物抗热性以应对气候变暖引发的粮食安全问题提供珍贵基因资源（Science），成果入选2022年度中国生命科学十大进展。围绕创制高蛋白玉米的战略需求，首次从野生玉米中克隆控制高蛋白含量主效基因Thp9，有效提高玉米蛋白含量，为培育高蛋白玉米和高品质青储玉米提供重要基因资源和育种材料（Nature）。在植物-昆虫-微生物互作研究领域，合作揭示植物如何巧妙组装其特异性代谢产物应对农业重大害虫小叶蝉的非寄主抗性机制（Science，封面文章）。

2025年在《科学》发表突破性研究，揭示植物干细胞mRNA传递PME5酶信号机制，为作物遗传改良建立新理论框架。

2025年12月，中国科学院分子植物科学卓越创新中心杨卫兵等科研人员组成的科研团队发现细胞壁作为植物细胞的“外骨骼”，其力学特性在干细胞调控中扮演着核心角色。研究发现，在植物茎尖干细胞区域，细胞壁的主要成分果胶呈现出独特的“二元分布”模式：新形成的细胞横壁偏“软”，富含去甲酯化果胶；而成熟的细胞壁则更“硬”，以高度甲酯化的果胶为主。这种“软硬兼备”的时空构型，对维持干细胞微环境稳态至关重要。相关研究成果于北京时间12月5日在国际学术期刊《科学》发表。

同月，中心张鹏研究员团队与深圳大学刘宏涛教授团队合作，解析了玉米蓝光受体ZmCRY1s与蜡质合成酶GLOSSY2蛋白复合体的三维结构，相关成果发表于《科学进展》期刊，为植物光信号传递的分子基础提供了直接证据。

全年新增专利申请41件、其中PCT5件、国外专利8件；新增授权专利39件，其中国外专利2件，软件登记2件。分子植物卓 越中心积极响应乡村振兴和国家双碳策略中充分利用边际土地的政策，完成1000余份藜麦的杂交组合，培育有自主知识产权的品种及高代品系，实现藜麦在高寒、干旱和盐碱地推广面积达10万余亩，并建立实验室-地方政府-企业三位一体的推广模式。

2022年，《分子植物》(Molecular Plant) 影响因子上升到21.949、排名跃居植物科学研究类期刊全球第一，荣获中国最具国际影响力学术期刊、华东地区优秀期刊等称号。《分子植物》姊妹刊《植物通讯》（Plant Communications）获得首个影响因子8.625、排名居植物科学研究类期刊第七。《植物生理学报》继续位居植物学类核心期刊前列。

分子植物卓 越中心是中国植物生理与植物分子生物学学会、上海市植物生理与植物分子生物学学会、上海市昆虫学会、上海市生物工程学会的挂靠单位。

2022年11月29日23时08分，神舟十五号载人飞船成功发射。此次任务中，中国科学院分子植物科学卓越创新中心蔡伟明研究团队，采用模式植物拟南芥作为空间实验材料，承担了“空间微重力环境调控植物细胞结构和功能的分子网络研究”项目。已收到空间站发回的微重力环境中生长的拟南芥图像。

2025年，中国科学院分子植物科学卓越创新中心依托冷冻电镜平台和单细胞成像系统建成国际领先的植物细胞动态观测平台，成功实现对植物干细胞mRNA传输过程的毫秒级捕捉，相关成果发表于《科学》期刊。该平台通过可视化技术。

基于该平台构建的植物干细胞研究技术体系，已证实可应用于玉米、大豆、番茄等作物干细胞活性调控，为精准设计细胞壁、提升作物产量及固碳能力奠定理论基础。中心下设植物性状形成与塑造全国重点实验室，配备单细胞测序系统和活体成像设备，承担国家粮食安全与生态安全战略研究。

1999年，原中国科学院上海植物生理研究所与原中国科学院上海昆虫研究所整合成立中国科学院上海植物生理生态研究所。

2016年，植物生理生态研究所依托分子植物卓 越中心，设立中国科学院直属科研机构。

2019年，分子植物卓 越中心获批独立事业法人资格。

截至2022年底，分子植物卓越中心共有在职职工383人。其中科技人员243人、科技支撑人员61人，包括中国科学院院士7人、发展中国家科学院院士4人、研究员及正高级工程技术人员87人、副研究员及高级工程技术人员80人；全所进入创新岗位304人。

分子植物卓 越中心是国务院学位评定委员会首批批准的硕士、博士学位授予点，设有生物学一级学科博士研究生培养点，并设有生物学一级学科博士后流动站，共有在学研究生641人（其中硕士生231人、博士生410人），在站博士后95人。

主任：韩斌

党委副书记、副主任：张余（主持工作）

副主任：王佳伟

纪委书记：陈伟民

副主任：巫永睿

原上海植物生理所

罗宗洛,院士 1953-1978年任所长

殷宏章,院士 1978-1983年任所长,1983-1992年11月任名誉所长

沈允钢,院士 1983-1991年任所长

许智宏,院士 1991-1994年任所长

汤章城,研究员 1994-1999年任所长

原上海昆虫研究所

杨平澜,研究员 1959-1985年任所长,1985年起任名誉所长

朱国凯,研究员 1985-1988年任所长

陈元光,研究员 1988-1993年任所长

李鸿昌,研究员 1993-1997年任所长

丁德诚,研究员 1997-2000年任常务副所长

上海植物生理生态研究所

许政暟,研究员 1999-2002年任所长

陈晓亚,院士 2004-2008年任所长

薛红卫,研究员 2009-2014年任所长