东莲花清真寺始建于清朝初期，历经1921年扩建与1987年改扩建，现存主体建筑采用中国传统木构技艺与伊斯兰建筑元素融合的九转十一型结构。寺院总占地面积约8.8亩（约5867平方米），朝真殿可容纳千人礼拜，四层宣礼楼高14米形成标志性景观。作为东莲花村核心宗教场所，该寺与村落内30余处清代至民国古民居共同构成省级历史文化名村的重要组成

清初创建初期仅有简易礼拜场所，光绪年间开始系统性营建。1921年首次扩建形成基本格局，至民国十三年（1924年）完成礼拜堂与宣礼楼主体工程。1987年再次扩建，1990年开展大规模修缮工程，恢复传统建筑风貌。1997年4月18日经巍山县民宗局核准登记为合法宗教活动场所。

作为滇西伊斯兰文化传播中心，该寺长期承担经堂教育。

截至2025年，寺院法定代表人为张志军，登记地址精确至永和村委会东莲花村。作为巍山县现存规模最大的清真寺之一，其宗教活动涵盖每日五次礼拜、主麻聚礼及开斋节、古尔邦节等重大节庆。寺院日常维护由管委会负责，建筑修缮需报县级文物部门审批。