上海浦东机场综合保税区于2009年7月经国务院批准设立，规划面积3.59平方公里，位于浦东国际机场西侧。该保税区叠加了保税区、出口加工区和保税物流园区的政策功能，重点发展国际货物中转、融资租赁、空运分拨等临空功能服务产业链。2013年9月，该保税区被纳入中国（上海）自由贸易试验区，实施货物状态分类监管、中转集拼等贸易便利化措施。截至2025年6月，区内累计进出口总额96.4亿美元，入驻企业形成电子产品、医疗器械等领域的亚太分拨中心，其中进口医疗器械货值同比增长40多倍。

2009年7月3日，国务院正式批准设立上海浦东机场综合保税区。2010年4月，一期围网区域通过国家联合验收组验收，封关面积1.60平方公里。2010年9月28日，保税区正式启动运营。2011年12月，二期围网通过验收，实现3.59平方公里全封闭监管。2013年8月，国务院批准设立中国（上海）自由贸易试验区，浦东机场综合保税区被纳入实施范围。

浦东机场综合保税区定位于临空功能服务先导区，重点发展航空物流、国际中转、融资租赁等业务。主要功能包括：

。货物入区视同出口，可即时办理退税手续。区内企业享受通关分类改革、配额许可证一次性验证等便利措施。在自贸试验区框架下，实施货物状态分类监管，允许保税货物与非保税货物同仓存储。

截至2019年，区内入驻企业包括：

浦东机场综合保税区由上海综合保税区管理委员会统一管理，海关、检验检疫等部门在区内设立办事机构。