上海市浦东教育发展研究院成立于2004年10月，是全国首家区域性教育研发机构，由原浦东新区教育学院、教科所和浦东新区信息中心整合组建，旨在推动基础教育质量提升。该院下设教师发展中心、学校发展中心、区域教育中心、教育信息中心和办公室，分别承担教师培训、学校发展指导、教育决策咨询、信息化建设及内部协调职能。截至2022年，该院有教职工210人，业务涵盖教育研究、教师培训、科研管理、督导评估等领域，并设有临港分院（2023年成立）。2024年启动康桥镇新建工程项目，计划建设教研培训、科研交流等设施。

自1959年起，伴随着区域社会、经济改革和发展的进程，历经川沙县教研室、川沙县红专学院、川沙县教师进修学校、浦东新区教育学院、浦东新区教育科学研究所、浦东新区教育信息中心、浦东教育发展研究院等机构的变迁与更迭。

2004年10月9日，研究院在原浦东新区教育学院、教科所和信息中心基础上组建成立，揭牌仪式在浦东新区少年宫举行，多位教育界专家及领导出席。作为全国首个区域性教育研发机构，其成立标志着浦东教育进入内涵发展阶段。

2010年，根据南汇区划入浦东新区后事业单位整合调整的要求，南汇区教师进修学院有关职能划入浦东教育发展研究院。

截至2016年3月，研究院内设四大职能中心：

2023年6月，临港分院揭牌成立，服务于国家战略与临港基础教育发展。分院聘请于漪等专家为顾问，并设立实践基地和教师培训基地。

2024年6月，上海市浦东教育发展研究院新建工程设计方案公示，总建筑面积104398平方米，规划建设教研培训综合楼、科研交流中心等设施。项目总投资10.49亿元，计划建设期为36个月。

2025年，研究院开展跨学科主题学习展示、教育数字化转型实践及多项课题成果推广。同年，发布2026年度上海市教育科研项目预申报通知。2023年11月，委托评估院对初中、小学教育指导中心进行专项评估。

自2017年起，研究院年度预算及决算信息由浦东新区人民政府公开，包括2023年决算（2024年8月公开）和2024年预算（2024年2月公开）。