上海交通大学巴黎卓越工程师学院是上海交通大学下设的二级学院，成立于2012年，由上海交通大学与
巴黎高科技工程师学校集团（含
巴黎综合理工学校等四所法国顶尖工程师学校）联合创办，2021年6月16日经
教育部批准更现名。学院定位为实施教育部“
卓越工程师教育培养计划”，通过探索和改革现有培养体系，提升中国教育适应国家经济社会发展与对外开放的能力，借鉴法国工程师精英教育模式，培养具有国际视野、创新能力、团队精神的工程技术人才，2015年获CTI（法国工程师职衔委员会）及EUR-ACE（欧洲工程教育认证）双认证，并于2018年通过CTI认证更新。
法国巴黎高科集团成立于1991年，汇集了全法最具声望的12所工程研究生学校和商学院。巴黎高科以提供最高水准的理科与管理教育为目标，以培养学生的个人素质为准则，其毕业生能够在相当广泛的工程技术领域施展才华，倍受工业、企业界的欢迎，许多校友在法国政府和欧盟机构中担任要职。
上海交大与巴黎高科集团一直保持着良好密切的合作关系，在过去数年学生交流交换项目的良好基础上，在教育部、国家外专局、上海市以及闵行区等各级领导的关心和支持下，学校与巴黎高科集团就联合建立卓越工程师学院分别于2011年7月、9月、11月和12月进行了多次会谈协商，并最终促成了此次合作，从而使双方进入实质性合作的新阶段，为上海交大进一步推进卓越工程师培养计划打下坚实基础，也有力地推动学校的中国特色
世界一流大学建设。
2012年，上海交通大学为积极践行教育部“卓越工程师教育培养计划”，与法国四所世界顶尖工程师学校（巴黎综合理工学校、巴黎国立先进技术学校、巴黎高等矿业学校、巴黎高等电信学校）联合成立“上海交大-巴黎高科卓越工程师学院”。
高等教育国际化既是全球经济一体化影响下的必然趋势，也是大学培养具有多元文化和国际视野创新领袖人才的内在要求。上海交大是教育部首批“
卓越工程师教育培养计划”试点高校之一，同年，交大还承担了“产学合作培养工程人才”和“探索研究生培养模式”两个
国家教育体制改革项目。作为最早走出国门进行海外高层次交流的国内高校之一，学校近年来通过与国外著名大学的合作办学，不仅扩大了中国高等教育的国际影响，提高了学校在海外的知名度，为中国特别是上海经济的发展培养了一批批高层次、复合应用型专业人才，并积累了丰富的国际化办学经验。
学院办学仅三年就于2015年获得了CTI认证和EUR-ACE认证。而后又于2018年获为期6年的认证更新。 CTI认证高度肯定了学院在教学质量、企业合作、国际合作、国际学生交流交换等方面的成效，充分反映了学院的办学质量。