为实施“
科教兴国”战略， 深化“跨世纪青年人才工程”，推动“中国青年科学家奖”评审活动深入持久的开展下去，1996年，
中华全国青年联合会与西安金花企业集团于第三届“中国青年科学家奖”开评之际共同设立“中国青年科学家奖”金花基金。该基金1000万元人民币全部由西安金花企业集团提供，主要用于“中国青年科学家奖”评审活动的评审、宣传、表彰等方面。
“中国青年科学家奖”金花基金设立基金管理委员会，负责对基金的管理和使用。基金管理委员会设立主任两名，成员若干，主任由全国青联有关方面负责人及西安金花企业集团董事长吴一坚先生共同担任。