cRNA探针是以互补DNA（cDNA）为模板通过体外转录技术合成的单链RNA分子，属于RNA探针的细分类型。其单链结构避免了双链探针的链间复性问题，可直接与靶序列结合，显著提升杂交效率和特异性。该探针形成的cRNA-RNA杂交体具有高稳定性，可抵抗RNA酶降解并能通过RNA酶处理清除未结合探针，因此在原位杂交组织化学、基因表达分析等领域应用广泛。尽管存在制备流程复杂、易受RNA酶污染等局限，但其在科研与临床诊断中的需求持续增长。

cRNA探针以含有噬菌体启动子的质粒载体为基础，使用RNA聚合酶对克隆的cDNA模板进行体外转录，通过标记的核糖核苷酸合成单链RNA探针。通过调整cDNA插入方向或选择不同RNA聚合酶，可定向生成与目标mRNA互补的反义探针或序列相同的同义探针。相较于逆转录法制备的单链cDNA探针，体外转录技术能批量合成长度均一的探针。

作为单链RNA分子，cRNA探针无需变性处理即可直接与靶RNA序列结合。其单链特性消除了双链DNA探针因链间复性导致的杂交效率下降问题，使超过90%的探针分子可参与杂交反应。该结构还赋予探针更高的灵敏度，信号强度可达双链cDNA探针的8倍以上。

在科研领域，cRNA探针主要用于：

cRNA探针的核心优势体现在两方面：

实际应用面临以下挑战：

随着基因测序技术迭代（如单细胞测序），cRNA探针在以下方向呈现增长潜力：