RNA聚合酶Ⅱ是存在于
真核生物核质中的RNA合成酶，主要负责转录生成
核不均一RNA（
hnRNA）——成熟
mRNA的前体。该酶对
鹅膏蕈碱敏感，其转录启动子含有
TATA框和
CAAT框等特征结构域，需与
TFⅡD等
转录因子形成复合物启动转录过程。区别于原核生物RNA聚合酶，其转录产物需经加帽、加尾及剪接等加工步骤。
RNA聚合酶Ⅱ是真核生物四种RNA聚合酶中唯一负责蛋白质编码基因转录的酶类，其转录产物hnRNA经过加工后形成成熟mRNA。该酶定位于细胞核质中，与RNA聚合酶Ⅰ（核仁）、Ⅲ（核质）形成空间分布上的功能区分。
该酶由12个亚基组成核心结构，其中C端结构域（CTD）的磷酸化状态调控转录进程。其活性中心缺乏3’→5’外切酶结构域，导致转录过程不具备校对功能，错误率较DNA复制高约10^4倍。