AFIS（Automatic Fingerprint Identification System），中文名自动指纹识别系统，是通过特殊的光电转换设备和计算机图像处理技术实现指纹采集、分析和比对的计算机系统。该系统由
北京大学石青云院士团队于20世纪80年代研发，1993年获国家科技进步奖二等奖。核心算法包括纹型分类、特征提取与匹配，支持活体指纹采集及远程跨区域比对，指纹库容量达500万人级。
此计算机系统可扫描犯罪现场采集的指纹，并且与州、地区、国家之间执法机关采集的数百万指纹档案互相比对。指纹由专家追踪后，经计算机扫描，得到许多细节来和数据库里其它指纹比对，列出相符合的百分比来让鉴识人员得知可能的相符人选。任何计算机比对的结果，都会经指纹专家比较与此指纹相关的样本来验证。
AFIS与
CODIS(Combined DNA index system 联合DNA索引系统)一样，在犯罪鉴证中鉴别嫌疑人身份过程中有举足轻重的作用，其结论均是可被采纳为直接
证据的重要信息。